Otoklavlarda kullanılan su buharlaşıp yeniden yoğunlaştığı için suyun içerisinde bulunan bütün mineral ve inorganik bileşikler kabin duvarına çökecektir. Bu sebeple otoklavların su deposuna konulacak suyun distile su olması arzu edilir. Başta kalsiyum ve klorit olmak üzere inorganik maddelerin ve bilhassa ağır metallerin varlıkları istenmez. Kaynatılan suyun içerisinde bulunan kirlilikler kabın dibinde pullanma ve tortu şeklinde ortaya çıkar. Buna buharlaşma kalıntısı adı verilir. Buharlaşma kalıntısının belirli bir seviyenin üzerinde olması otoklavda kullanılacak su için en istenmeyen durumdur. PrEN13060 şartnamesine göre 1 litre su kaynatılıp buharlaştırıldığında en çok 10 mg tortu bırakmasına izin verilmiştir.
Suyun saflaştırılması
Suyu önce buharlaştırıp sonra yeniden yoğunlaştırmak sureti ile tortularından arındırmaya distile etmek denir. Suyu karbon ve reçine filtrelerden geçirip iyonlarından ayırmaya deiyonize (demineralize) etmek denir.
Eğer distile edilmiş saf bir suyun daha saf olması istenirse ayni su yeniden distile edilebilir. Eğer bir su numunesi iki defa distile edildiyse bidistile su adını alır ve daha saftır. Bu su defalarca distile edilebilir. Böylece her defasında su daha saflaşır. Su arka arkaya distile edilerek iletkenliği 10 µS’e kadar düşürülebilir. Fizik laboratuarlarında su numuneleri seramik membranlardan geçirilerek elektrik direnci megaohmlar seviyesine gelinceye kadar saflaştırılabilmektedir. Böyle suların elektrik iletkenliği 0.02 µS kadar olabilir. Fakat böyle ileri derecede saflaştırılmış bir suyu otoklavda kullanmak gerekmeyebilir.
Her distile edildiğinde su daha saflaşır, iletkenliği daha azalır, daha mineralsizleşir, otoklav için daha ideal özelliklere ulaşır.
Suyun her distile edilmesinde daha da saflaşması sebebi ile bazı otoklavlar suyu devridaim kullanacak şekilde üretilmiştir. Böyle otoklavlara bir defa su konulur ve buharlaştırılan su yeniden depoya döndürülür. Böylece her defasında biraz daha saf su kullanılarak 60-70 çevirim yapmak mümkündür. Ayrıca saf su temin etme problemi de büyük ölçüde ortadan kalkmış olur. Örneğin Euroklav 23V-S markalı otoklavın kullanıcı el kitabında (Madde 6.8 sayfa:39) su sistemi seçmeli bırakılmıştır. Kullanıcı isterse kullanılan suyu yeniden kullanma seçeneğini devreye sokar, ayni suyu sürekli döngü yaptırıp kullanabilir (close-loop system). Eğer arzu ederse kullanılan suyu dışarı atar (one-way system). Bu şekilde suyu devri daim kullanarak çalışan bir tane daha otoklav piyasamızda bulunmaktadır.